Difference between revisions of "ChemBioOffice"

From Cncz
Jump to: navigation, search
Line 3: Line 3:
  
 
Belangrijkste onderdelen van ChemBioOffice:
 
Belangrijkste onderdelen van ChemBioOffice:
ChemDraw: tekenen van structuren (o.a. name-to-structure) en biologische componenten, NMR en MS fragmentatie predictie, voorspellen van fysische en chemische eigenschappen zoals ClogP en polar surface area, importeren van structuren op basis van naam.
+
 
Chem3D: 3-D visualisatie van moleculen, rotatie, zoomen, conformatie-analyse, molecular modeling en dynamics, zowel empirisch (MM2) als ab initio (GAMESS), orbitalen visualisatie.
+
#* ChemDraw: tekenen van structuren (o.a. name-to-structure) en biologische componenten, NMR en MS fragmentatie predictie, voorspellen van fysische en chemische eigenschappen zoals ClogP en polar surface area, importeren van structuren op basis van naam.
ChemFinder: zoeken van moleculaire structuren op het WWW
+
#* Chem3D: 3-D visualisatie van moleculen, rotatie, zoomen, conformatie-analyse, molecular modeling en dynamics, zowel empirisch (MM2) als ab initio (GAMESS), orbitalen visualisatie.
ChemACX: database van commercieel verkrijgbare verbindingen
+
#* ChemFinder: zoeken van moleculaire structuren op het WWW
BioDraw: toepassing voor het tekenen, delen en presenteren van biologische processen. Algemene biologische elementen (membranen, DNA, enzymen, receptoren, reactiepijlen, etc) zijn via een template voorradig, anderen kunnen geimporteerd worden.
+
#* ChemACX: database van commercieel verkrijgbare verbindingen
BioAssay: management van data van biologische experimenten. Ontwikkeld voor chemici en biologn die actief zijn in onderzoek naar medicijnen of gen-onderzoek doen. Vooral nuttig voor onderzoeker die in vivo experimenten uitvoeren met complexe modellen door de integratie van chemische en biologische data.
+
#* BioDraw: toepassing voor het tekenen, delen en presenteren van biologische processen. Algemene biologische elementen (membranen, DNA, enzymen, receptoren, reactiepijlen, etc) zijn via een template voorradig, anderen kunnen geimporteerd worden.
BioViz: transformeert de getallen in je database in grafische weergaves op je scherm. Terughalen of zoeken van een set van verbindingen, keuze uit gewenste data, zoals relevante biologische data uit Oracle tabellen, berekende fysische eigenschappen, prijzen in catalogi. BioViz genereert een interactief scherm met scatterplot, histogram of andere nuttige grafische data-weergave.
+
#* BioAssay: management van data van biologische experimenten. Ontwikkeld voor chemici en biologn die actief zijn in onderzoek naar medicijnen of gen-onderzoek doen. Vooral nuttig voor onderzoeker die in vivo experimenten uitvoeren met complexe modellen door de integratie van chemische en biologische data.
 +
#* BioViz: transformeert de getallen in je database in grafische weergaves op je scherm. Terughalen of zoeken van een set van verbindingen, keuze uit gewenste data, zoals relevante biologische data uit Oracle tabellen, berekende fysische eigenschappen, prijzen in catalogi. BioViz genereert een interactief scherm met scatterplot, histogram of andere nuttige grafische data-weergave.
  
 
Deze software wordt veelvuldig gebruikt binnen verschillende werkgroepen van de Faculteit NWI en in toenemende mate ook in het onderwijs. Door de gebruiksvriendelijkheid van de software is het ook zeer geschikt voor studenten. '''Iedereen met een e-mail adres eindigend op science.ru.nl of student.science.ru.nl is gerechtigd de software te downloaden en 3 keer te installeren.'''
 
Deze software wordt veelvuldig gebruikt binnen verschillende werkgroepen van de Faculteit NWI en in toenemende mate ook in het onderwijs. Door de gebruiksvriendelijkheid van de software is het ook zeer geschikt voor studenten. '''Iedereen met een e-mail adres eindigend op science.ru.nl of student.science.ru.nl is gerechtigd de software te downloaden en 3 keer te installeren.'''
Line 24: Line 25:
  
 
Most important elements of ChemBioOffice:
 
Most important elements of ChemBioOffice:
ChemDraw: drawing of chemical structures (i.a. name-to-structure tool) and biological components, NMR and MS fragmentation prediction, prediction of physical and chemical properties like ClogP and polar surface area, importing of structures based on name.
+
#* ChemDraw: drawing of chemical structures (i.a. name-to-structure tool) and biological components, NMR and MS fragmentation prediction, prediction of physical and chemical properties like ClogP and polar surface area, importing of structures based on name.
Chem3D: 3-D visualisation of molecules, rotation, zooming, conformational analysis, molecular modeling and dynamics, both empiric (MM2) and ab initio (GAMESS), orbital visualisation.
+
#* Chem3D: 3-D visualisation of molecules, rotation, zooming, conformational analysis, molecular modeling and dynamics, both empiric (MM2) and ab initio (GAMESS), orbital visualisation.
ChemFinder: searching of molecular structures on the WWW
+
#* ChemFinder: searching of molecular structures on the WWW
ChemACX: database of commercially available structures
+
#* ChemACX: database of commercially available structures
BioDraw: application for drawing, sharing, and presenting biological pathways. Common pathway elements (membranes, DNA, enzymes, receptors, reaction arrows, etc.) are built in, and other elements may be imported.
+
#* BioDraw: application for drawing, sharing, and presenting biological pathways. Common pathway elements (membranes, DNA, enzymes, receptors, reaction arrows, etc.) are built in, and other elements may be imported.
BioAssay: manages data from biological experiments. Designed for chemists and biologists working on pharmaceutical, drug or gene research and is of particular value for researchers performing in vivo experiments with complex models, with integration of chemical and biological data.
+
#* BioAssay: manages data from biological experiments. Designed for chemists and biologists working on pharmaceutical, drug or gene research and is of particular value for researchers performing in vivo experiments with complex models, with integration of chemical and biological data.
BioViz: transforms the numbers in your database into graphics on your screen. Retrieve or search for a set of compounds, choose the data you want to see, whether it is biological test results in Oracle tables, physical property values calculated automatically or prices in a catalog, and BioViz will generate an interactive window showing a scatterplot, histogram, or other useful data graphic.
+
#* BioViz: transforms the numbers in your database into graphics on your screen. Retrieve or search for a set of compounds, choose the data you want to see, whether it is biological test results in Oracle tables, physical property values calculated automatically or prices in a catalog, and BioViz will generate an interactive window showing a scatterplot, histogram, or other useful data graphic.
  
 
The software is actively in use in multiple workgroups within the Science Faculty and in increasing amounts also in the curriculum. Because of the user-friendliness and intuitive use of the software it is highly appropriate for student use. '''Everyone with an e-mail account ending in science.ru.nl or student.science.ru.nl is eligible to download the software and install it 3 times maximum.'''
 
The software is actively in use in multiple workgroups within the Science Faculty and in increasing amounts also in the curriculum. Because of the user-friendliness and intuitive use of the software it is highly appropriate for student use. '''Everyone with an e-mail account ending in science.ru.nl or student.science.ru.nl is eligible to download the software and install it 3 times maximum.'''

Revision as of 15:00, 20 June 2008


ChemBioOffice is a multifunctional software package for searching and drawing of molecular structures, 3-D visualisation and molecular modeling, drawing of biological pathways and management of biological data.

Most important elements of ChemBioOffice:

    • ChemDraw: drawing of chemical structures (i.a. name-to-structure tool) and biological components, NMR and MS fragmentation prediction, prediction of physical and chemical properties like ClogP and polar surface area, importing of structures based on name.
    • Chem3D: 3-D visualisation of molecules, rotation, zooming, conformational analysis, molecular modeling and dynamics, both empiric (MM2) and ab initio (GAMESS), orbital visualisation.
    • ChemFinder: searching of molecular structures on the WWW
    • ChemACX: database of commercially available structures
    • BioDraw: application for drawing, sharing, and presenting biological pathways. Common pathway elements (membranes, DNA, enzymes, receptors, reaction arrows, etc.) are built in, and other elements may be imported.
    • BioAssay: manages data from biological experiments. Designed for chemists and biologists working on pharmaceutical, drug or gene research and is of particular value for researchers performing in vivo experiments with complex models, with integration of chemical and biological data.
    • BioViz: transforms the numbers in your database into graphics on your screen. Retrieve or search for a set of compounds, choose the data you want to see, whether it is biological test results in Oracle tables, physical property values calculated automatically or prices in a catalog, and BioViz will generate an interactive window showing a scatterplot, histogram, or other useful data graphic.

The software is actively in use in multiple workgroups within the Science Faculty and in increasing amounts also in the curriculum. Because of the user-friendliness and intuitive use of the software it is highly appropriate for student use. Everyone with an e-mail account ending in science.ru.nl or student.science.ru.nl is eligible to download the software and install it 3 times maximum.

In order to download ChemBioOffice, registration at the CambridgeSoft website is required: http://scistore.cambridgesoft.com/register/ Then go to http://scistore.cambridgesoft.com/sitelicense.cfm?sid=89 and download the software. A serial number will be sent to your e-mail adress.

This text is by Floris van Delft. He is the person to ask questions about the package ().